臺南市政府所轄組織，在市長及副市長之下，設有27個一級機關單位包括18個局，7個處，2個委員會及37個區公所；而二級機關單位則有33個處/委員會/院/所/館/中心/場。臺南市市政府並置市政會議，為市政最高決策機構，市政會議是臺南市政府醞釀政策的地方，臺南市市長在重要決策或向臺南市議會提交法案前均先會同市政會議通過，由市長、副市長、秘書長、副秘書長、局長、處長、委員會主任委員，與市長指定之人員組成。市長為市政會議之主席，當市長因故不能出席時，由市長指派其中一位副市長代理市長擔任主席；當二位副市長也不能出席時，則指派一級機關單位其中一位首長包括秘書長代理市長擔任主席，必要時市長得邀請或指定其他有關人員列席。此外臺南市市長也是行政院會議的當然列席人員，行政院會議為中華民國最高決策機構，行政院長在重要決策或向立法院提交法案前均先由行政院長會同行政院會議通過。當市長因故不能出席行政院會議時，由市長指派其中一位副市長代理市長出席行政院會議；當二位副市長也不能出席時，則指派一級機關單位其中一位首長包括秘書長代理市長出席行政院會議。